内蒙古自治区有色地质勘查局始建于上世纪50年代。六十多年来,一代又一代有色地勘人跋山涉水、艰苦奋斗，开拓创新、勇于进取,给国家找到多处重要矿产资源，潜在经济价值达20万多亿元，为国家和自治区经济和社会发展做出了巨大贡献。

内蒙古有色地质勘查局成立以来经历了多次队伍调整和组编，职工队伍和单位规模不断壮大。511队、512队作为局的雏形，成立于上世纪50年代初。1973年正式成立内蒙古自治区冶金地质勘探公司局的（前身），隶属内蒙古自治区冶金工业厅管理。之后组建了物探队（现综合普查队）、第4地质队、第5地质队、第6地质队、综合研究队、中心实验室、机械修配厂、地质研究所等所属单位。20世纪80年代，因内蒙古自治区行政区域重划，609队（现7队）、108队划归内蒙古冶金地质勘探公司管理；与此同时将第5地质队划出归武警黄金部管理。

1984年，内蒙古自治区冶金地质勘探公司上划，归中国有色金属工业总公司管理，更名为中国有色金属工业总公司内蒙古有色地质勘探公司。

1989年，内蒙古有色地质勘探公司改称为中国有色金属工业总公司内蒙古有色地质勘查局。

2000年，划归内蒙古自治区属地化管理，改称为内蒙古自治区有色地质勘查局，为准厅级事业单位。

2006年，内蒙古有色地质矿业（集团）有限责任公司挂牌成立，与内蒙古自治区有色地质勘查局并行，实行“一套人马、两块牌子、事企分开”的运作方式。

2020年，根据《自治区党委、政府关于深化事业单位改革试点工作的实施意见》（内党办发【2020】10号），有色局退出了事业序列、彻底转企。